孔雀綠（Malachite green），是一種有毒的三苯甲烷類人工合成有機化合物，外觀為暗綠色結晶狀固體，本來使用在工業如紡織、皮革和紙張的染料以及陶瓷容器的顏色塗料，可用作生物染色劑，把細胞或細胞組織染成藍綠色，方便在顯微鏡下研究，孔雀綠在動物體內會與動物細胞核以化學鍵鍵結，可經由生物轉換作用而還原成無色的還原型孔雀綠(leucomalachite green)，並長期存在於組織之中。

由於對水生魚類或動物的黴菌、細菌、原蟲、寄生蟲感染，深俱療效只需少量，約每公升的水0.03毫克(0.03ppm)的孔雀綠即有效果，加上價格便宜，因此廣泛的使用在水產養殖上，對治療魚身碰撞刮傷及防止黴菌感染且可避免傷口潰爛、擴散，部分養殖戶不知孔雀綠是禁藥，加上飼料業者或水產品藥商低價促銷，且使用效果不錯，常在幼魚廿至卅周齡或撈捕池中成魚及後續運輸過程，在水中添加以治療魚身外傷。

也有部分不肖養殖戶，明知孔雀石綠是工業染劑，含有致癌物質，殘留在魚體內不易排出，為節省成本而使用，直至發現魚類不能將孔雀綠完全代謝，會大量地殘留在體內，其毒性對不同魚種、魚齡、水溫、酸鹼值、硬度、溶氧量以及曝露時間有不同的影響，因而造成突變性、染色體破碎性，致畸形性及致呼吸毒性等潛在危害。

許多國家包括台孔雀綠會產生自由基並誘發脂質的過氧化，抑制DNA的合成且具有細胞毒性，可能促進腫瘤的發生，在組織病理學上，發現多器官包括肝腎的傷害及功能障礙。在魚類的血清、肝、腎、肌肉及卵，都有殘餘的孔雀綠及還原型孔雀綠的存在，尤其內臟含量偏高。在一些哺乳類動物的研究發現，孔雀綠會引起細血球生成、白血球稀少、以腎臟為主的內臟器官的傷害、突變、及肝癌發生。

還原型孔雀石綠的半衰期，約長達六個月，因此會有累積作用。歐盟對孔雀綠含還原型孔雀石綠的殘餘量規定，不得超過 (1ppb)。日本則訂定更高的標準以「不得檢出」為孔雀綠的檢測標準。

在台灣，過去就曾經有報導過石斑魚檢驗出過量的孔雀綠殘留， 最近市售的午仔魚檢驗出含有還原型孔雀綠，雖然驗出的濃度很低,對健康沒有立即危害，但經過研判，這些藥物殘留應與環境或魚飼料污染有關。