台灣地區處於亞熱帶，一年四季都可能有腸病毒感染病例出現，但仍以夏季及秋季為主要流行季節。根據維基百科指出，腸病毒流行週期約3年1次大流行造成一些地區小規模流行或大地區、甚至全國大流行。每次的流行，會使一些人產生抗體，有抗體的人如越來越多，慢慢就不流行了。依疾病管制局推測國內3歲以下幼兒90％不具有腸病毒71型抗體，所以不具有保護力。因此，國內專家預測，今年可能會有腸病毒較大的流行。
腸病毒的傳染力極強，傳染型式是由口對口及口對糞傳染。如吃進被含有病毒之糞便所污染的食物或接觸無症狀帶病毒感染者或接觸病人的口鼻分泌物、咳嗽、打噴嚏而傳染。玩具常成為幼兒間傳染的媒介。幼兒在人口密度高的場所，如學校、幼稚園、托兒所等都極容易發生傳染。
一般而言，在發病後的一週內傳染力最高。感染腸病毒大多沒有症狀，有些是發燒或類似一般感冒症狀。有些特殊臨床症狀一般3~5天會出現，典型症狀為口腔、手掌、腳掌出現水泡、潰瘍，可能合併發燒。如泡疹性咽峽炎，手足口病，無菌性腦膜炎、病毒性腦炎、肢體麻痺症候群、急性出血性結膜炎、嬰兒及性心肌炎、成人心包膜炎、流行性肌肋痛、急性淋巴結性咽炎等。
預防腸病毒最佳方法便是養成良好個人衛生習慣，把握正確洗手五時機，並確實做到「濕、搓、沖、捧、擦」洗手五步驟，以肥皂搓手至少20秒，守護自己與他人健康。